El Libro de Kells debe su nombre a la abadía de Kells, situada en Kells en el condado de Meath, en Irlanda. La abadía, donde se conservó el manuscrito por un largo periodo de la Edad Media, fue fundada a principios del siglo IX, en la época de las invasiones vikingas. Los monjes procedían del monasterio de Iona, una isla de las Hébridas situada frente a la costa oeste de Escocia. Iona albergaba en efecto una de las comunidades monásticas más importantes de la región desde que san Colomba, el gran evangelizador de Escocia, la hubiera designado su principal centro de irradiación en el siglo VI. Cuando la multiplicación de las incursiones vikingas acabó volviendo la isla de Iona demasiado peligrosa, la mayoría de los monjes partieron hacia Kells, que se convirtió así en el nuevo centro de las comunidades fundadas por Colomba.
La determinación exacta del lugar y de la fecha de realización del manuscrito se ha prestado a multitud de debates. Según la tradición, el libro habría sido redactado en la época de san Colomba, quizá incluso por él mismo en persona. Sin embargo, estudios paleográficos han demostrado la falsedad de esta hipótesis, puesto que el estilocaligráfico usado en el Libro de Kells se desarrolló con posterioridad a la muerte de Colomba.